Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (WHO) ήδη από το 1989, έχει καταρτίσει κατευθυντήριες οδηγίες σχετικά με την ασφάλεια στην κλινική πρακτική, τις ενδείξεις και αντενδείξεις κατά την εφαρμογή του Βελονισμού.

Εξαιτίας της «κανονιστικής δράσης» του Βελονισμού, είναι δύσκολο να καθορισθούν απόλυτες αντενδείξεις για αυτή τη μορφή θεραπείας. Ωστόσο, για διάφορους κάθε φορά λόγους, πρέπει να αποφεύγεται στις ακόλουθες καταστάσεις:

Εγκυμοσύνη, εκτός εάν απαιτείται για άλλους θεραπευτικούς σκοπούς και μόνο από ιατρούς θεραπευτές με μεγάλη επιστημονική κατάρτιση και κλινική εμπειρία.

Ιατρικές καταστάσεις έκτακτης ανάγκης και χειρουργικές επεμβάσεις: ο Βελονισμός αντενδείκνυται σε καταστάσεις έκτακτης ανάγκης οι οποίες θα πρέπει να αντιμετωπισθούν από ιατρικά κέντρα εξειδικευμένα για αυτού του είδους τις καταστάσεις. Ο Βελονισμός δεν πρέπει να χρησιμοποιείται για να αντικαταστήσει μια απαραίτητη χειρουργική επέμβαση.

Κακοήθης όγκοι: Ο Βελονισμός δεν πρέπει να χρησιμοποιείται για τη θεραπεία κακοηθών όγκων. Ειδικότερα απαγορεύεται η χρήση της βελόνας στο σημείο του όγκου. Ωστόσο, ο Βελονισμός μπορεί να χρησιμοποιηθεί και μάλιστα με εξαιρετικά αποτελέσματα, μόνος, ή σε συνδυασμό και με άλλες θεραπείες, για την ανακούφιση του πόνου ή άλλων συμπτωμάτων, για την αντιμετώπιση των παρενεργειών της χημειοθεραπείας και της ακτινοθεραπείας, καθώς και στη βελτίωση της ποιότητας ζωής.

Διαταραχές αιμορραγίας : η χρησιμοποίηση βελονών πρέπει να αποφεύγεται σε ασθενείς με αιμορραγικές διαταραχές, θρομβώσεις, καθώς και σε όσους λαμβάνουν αντιπηκτική αγωγή.

Επίσης, ο ηλεκτροβελονισμός δεν πρέπει να εφαρμόζεται σε ασθενείς με επιληψία, σε όσους φέρουν βηματοδότη, καθώς και σε ηλικιωμένους ασθενείς.